Selon la légende la plus connue, il serait le fruit de l’accouplement de chats sauvages de l’État du Maine aux États-Unis avec des ratons laveurs, "racoon" en anglais, d’où son nom. Ce nom aurait été donné en comparaison à sa queue en panache et la couleur de son pelage. Evidemment, d'un point de vue génétique, cela est impossible !

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La deuxième avance que le maine coon est un descendant des six chats angoras envoyés par Marie-Antoinette d'Autriche alors qu'elle préparait sa fuite pour échapper à la Révolution française. Ces angoras auraient été amenés sur le bateau Sally du capitaine Samuel Clough de Wiscasset avec les autres effets personnels de la reine. Les angoras se seraient ensuite mêlés aux chats de ferme locaux pour donner naissance au maine coon.

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D'un point de vue plus théorique, la race se serait développée à partir de croisements entre des chats de ferme locaux et d'autres chats à poils longs ou mi-longs importés d'abord par les Vikings aux alentours de l'an 1000. Le maine coon descendrait alors du chat des forêts norvégiennes, ce qui expliquerait leur ressemblance. Cette hypothèse est appuyée par la ressemblance entre turc de van, sibériens, norvégiens et enfin maine coons dont les origines géographiques correspondent aux déplacements des Vikings

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En 1860, les fermiers du Maine, très fiers de leurs chats organisaient leurs propres expositions pour élire le champion. Le premier maine coon cité dans la littérature est un mâle noir et blanc nommé Captain Jencks qui appartenait à Mme Pierce l'une des première propriétaires de maine coon. Cela remonte à 1861. Un peu plus tard, en 1895, ce chat de grande taille fit sensation au Madison Square Garden lors des premières expositions officielles des États-Unis et c'est d'ailleurs une femelle maine coon nommée Cosey qui remporta le concours.

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Un premier standard fut rédigé en 1960. La CFA (Cat Fancier's Association) le reconnut le maine coon en tant que race a part entière en 1976 et la FIFé (Fédération féline internationale) le fit vers 1983 et le Governing Council of the Cat Fancy (GCCF) en 1986. L'importation du maine coon en France date de 1981, mais la race ne prend son essor qu’au début des années 1990.